Kurum ve Kuruluşlarını mali yönden denetleme yetkisi TBMM adına Sayıştay Başkanlığına verilmiştir. Sayıştay Başkanlığı yürürlükteki mevzuata göre bakanlıklar ve bağlı genel müdürlükler gibi genel bütçeli daireler; üniversiteler, Karayolları Genel Müdürlüğü, Devlet Su İşleri Genel Müdürlüğü gibi katma bütçeli idareler; devlet orman işletmeleri ve devlet hastaneleri gibi döner sermayeli kuruluşlar; afetler ve çevre fonları gibi fon şeklindeki kuruluşlar; belediyeler ve il özel idareleri gibi özel bütçeli kuruluşlar ve devlet tiyatroları, Devlet Opera ve Balesi gibi farklı bütçe rejimi bulunan kuruluşları her yıl peryodik olarak denetlemektedir.

Kamu iktisadi teşebbüsleri, Özelleştirme İdaresinin özelleştirme işlemleri, kimi bütçe dışı fonlar ve bazı özerk idareler Sayıştay denetimine tabi değildir.