İstihbarat Daire Başkanlığı'nda uzun süredir araştırma yürüten Mülkiye Baş Müfettişleri'nin yaptığı incelemeler sonunda, Ramazan Akyürek'in Daire Başkanlığı dönemine ait bilgisayarlardaki log kayıtlarının ve işlem bilgilerinin 'usulsüz olarak imha edildiği' tespit edildi. Silinen kayıtların Hrant Dink cinayeti döneminde yapılan işlemlere ait olduğu öne sürüldü. Bunun dışında yasa dışı telefon dinlemelerine ait de müfettişler önemli tespitlerde bulundu. Müfettiş raporlarının tamamlanmasının ardından Ramazan Akyürek açığa alındı. Akşam saatlerinde Ramazan Akyürek'in evine giden polis ekipleri açığa alma kararının tebliğinden sonra Akyürek'in silahına ve kimliğine el koydu.   

Ramazan Akyürek'in ismi ilk olarak İstanbul'da görev yaptığı yıllarda gündeme geldi. Dönemin İstanbul Valisi Erol Çakır tarafından siciline “Emniyetteki hizipleşme içinde irticai akımlara (Fethullah) yakın. Dikkat edilmelidir” notu düşülen ve 100 üzerinden 35 sicili verilen tek polis oldu. Bütün bunlara rağmen Ramazan Akyürek 2004 yılında Trabzon'a Emniyet Müdürü olarak atandı. Bu süreçle birlikte Ramazan Akyürek'in bir taraftan yükseliş öyküsü başlarken diğer taraftan da görev yaptığı yerlerde önemli kriminal olaylar gelişti.

Bunlardan ilki Trabzon'da 2004 yılında Mc Donald's bombalanması olayı oldu. 29 Kasım’da KTÜ Öğretim Üyesi Doç. Hicabi Cındık öldürüldü. 7 Ocak 2005’te yine KTÜ’den Prof. Dr. Sadettin Güner ve üç yaşındaki oğlu çapraz ateşle öldürüldü. 6 Nisan 2005’te TAYAD üyeleri yüzlerce kişi tarafından linç edilmek istendi. 19 Ocak 2006’da Kürt işçilerin gittiği bir kahveye molotof kokteyli ile saldırı oldu. 5 Şubat 2006'da Santa Maria Kilisesi’nin rahibi Santoro 16 yaşında bir lise öğrencisi tarafından öldürüldü. Rahip Santoro, Trabzon Emniyeti’nin yasal teknik takibi altındayken öldürülmüştü.

McDonald’s bombalaması eyleminin faillerinden Erhan Tuncel ise altında Akyürek’in imzasının bulunduğu bir belgeyle polis muhbirliğine alınmıştı. Dink cinayetinin azmettiricisi olarak yargılanan Erhan Tuncel’in suçlu olduğunu Emniyet biliyordu. Tuncel’e “Sen bize muhbirlik yap, biz senin hapse girmeni engelleyelim” dediler. Tuncel kabul etti. 9 Mayıs 2006 tarihinde Emniyet Genel Müdürlüğü İstihbarat Dairesi Başkanı olarak atandı.
Hrant Dink İstanbul’da öldürüldüğünde, Ramazan Akyürek İstihbarat Dairesi Başkanı’ydı. Dink’in vurulacağı, cinayet öncesinde tam 17 defa ihbar edilmişti. İşte bu cinayetten sonra Ramazan Akyürek'İn ismi gündemden hiç düşmedi. Gazeteci Nedim Şener yazdığı kitaplarda Ramazan Akyürek ve ekibinin Hrant Dink cinayetindeki eksiklikleri ile ilgili önemli iddialara yer verdi. 

Hrant Dink cinayeti sonrası Ramazan Akyürek  “dokunulmaz” konumunu sürdürdü. Bu sırada, cinayetle ilgili bilgilerin üstünün örtüldüğü, İstihbarat dairesindeki log kayıtlarının silindiği iddiaları gündemden düşmedi. Ramazan Akyürek iddiaların artması üzerine önce İstihbarat Daire Başkanlığı'ndan alınarak polis baş müfettişiğine atandı. Ardından da Emniyet Genel Müdürlüğü Teftiş Kurulu Başkanı olarak atandı. Ramazan Akyürek geçtiğimiz Ocak ayında bu görevinden alınmış ve merkeze çekilmişti. (Hürriyet)